Operacja polega na chirurgicznym usunięciu torbieli środkowej szyi. Wycięta tkanka wysyłana jest do badania histopatologicznego. Operacja wykonywana jest w znieczuleniu ogólnym. Pobyt w szpitalu po zabiegu trwa zazwyczaj 48 godzin. Operatorem jest lekarz laryngolog.
Po operacji może być odczuwany ból szyi. Szwy należy usunąć po 7 dniach od zabiegu. W niektórych przypadkach na 2 - 3 dni po zabiegu zakładny jest drenaż do rany pooperacyjnej.